Melancholia est un film en trois parties. Trois parties féminines.
Il y a d'abord la scène d'ouverture qui présente la fin du monde, une fin du monde fantasmée, par Justine : elle y figure en robe de mariée, son cheval Abraham finit lui aussi par abdiquer en s'effondrant au ralenti.
La première partie raconte l'histoire de Justine : sa cérémonie de mariage à laquelle elle n'arrive pas à être heureuse et sa langueur, son indifférence - sa mélancolie.
La seconde tourne autour du personnage de Claire, la soeur de Justine, mariée et mère d'un enfant, qui est effrayée à l'idée du passage de la planète Melancholia si près de la terre. Et en effet, Melancholia passe si près que la terre explose.
Lars Von Trier structure donc son film de manière circulaire, comme la terre et Melancholia : il commence par la fin du monde et termine par la fin du monde sur la même musique.

Intéressons-nous maintenant au nom donné à la planète (et au film) : Melancholia. C'est un nom qui n'est pas donné au hasard car Justine souffre de mélancolie.
Son étymologie est la bile noire. La mélancolie est un état dépressif, mais aussi un état qui rapproche l'homme du génie.
Lars Von Trier construit le personnage de Justine en tenant compte de ces deux caractéristiques. En effet, Justine est arrivée à un dégoût de la vie : les plats qu'elle adorait ont maintenant un goût de cendre, elle n'a parfois plus la force de marcher et passe son temps à dormir. Et en même temps, Justine fait preuve d'un étrange don : elle sait les choses. Elle sait quel est le numéro gagnant du jeu concours de son mariage, elle sait aussi que Melancholia va heurter la terre.
Justine est la figure humaine de la planète Melancholia sur terre, une incarnation de la planète sur terre. Et Lars Von Trier symbolise son mal sous la forme d'une planète : imposante, immense, il semble que Justine ne puisse s'en extirper et que la collision soit inévitable.

Melancholia permet d'aller assez loin dans la science fiction mis à part la thématique de fin du monde. Après tout, pourquoi Justine ne serait pas possédée par la planète Melancholia ? Son rayonnement lui fait du bien puisque Claire la retrouve nue, en pleine nuit, dans le jardin, sous les rayons de l'étrange planète.
A cet instant, Claire est terrestre, en plein contraste avec sa soeur. Comme les chevaux de l'écurie, elle a peur.
Mais ce qui est plus intéressant encore, c'est que Lars Von Trier construit les rapports d'autres personnages en opposition, et en métaphore avec la rencontre entre Melancholia et la terre, qui sera dévastatrice. La partie consacrée au mariage est comme la métaphore de l'impossible entente entre la terre et Melancholia : Mickael, qui a acheté un terrain avec des pommiers et rêve d'une balançoire pour ses futurs enfants est voué à voir son mariage exploser car Justine, sous l'emprise de la mélancolie est devenue indifférente à tout. Elle flotte, elle est ailleurs.
Melancholia, est un film sur l'apocalypse, au sens propre et au figuré puisqu'il raconte la fin de la terre mais aussi l'apocalypse d'un mariage qui est un échec et l'apocalypse que peut créer intérieurement la mélancolie, jusqu'à la mort.
L'explication de Melancholia est sans doute là : film sur différents apocalypses, qui traite de l'intimité plutôt que d'une fin de monde qui multiplierait les personnages et les tentatives pour survivre.
Après une première partie qui a exploré la relation homme/femme avec Michael/Justine, Lars Von Trier analyse plus précisément la relation entre les deux soeurs, et plus particulièrement le renversement qui s'opère : petit à petit, Justine, qui n'a pas peur de mourir, fait face devant l'apocalypse tandis que Claire cède à la panique. Au final, est-ce vraiment la fin du monde ou est-ce seulement la mort de sa soeur que Claire vit comme une fin du monde ? On peut se poser la question.

Ode à la fin du monde, Melancholia est aussi une ode à l'art, comme une compilation du cinéma qu'il est possible de faire, avant que la mélancolie ne triomphe complètement avec un écran noir. Melancholia rappelle Tarkovski, Resnais, mais s'intéresse aussi à la peinture avec les nombreux tableaux de la demeure, et les tableaux vivants crées par Lars Von Trier, particulièrement dans la scène d'ouverture. La musique n'est pas en reste avec des morceaux de Tristan et Isolde de Richard Wagner.